641:ホモロジーモデリング

今日は仕事の話をば。今担当しているターゲットは、化合物が阻害するタンパク質の結晶構造が得られていないもの。タンパク質の3次元座標が手に入らない。

そのため、アミノ酸配列が似ていて結晶構造がすでに解析されている別のタンパク質をテンプレートとして、コンピューター上で仮想的に3次元構造を作っています（俗に言うホモロジーモデリング）。

アミノ酸配列の相同性が高ければ、コンピューターが自動でそろえてくれて立体構造もテンプレートと似たものになりますが、今回の子は相同性が最も高いものでも30%程度。「このアミノ酸とこのアミノ酸はそろえよう」と手作業でアライメントしてあげないと厳しい。

はじめは配列を見てもさっぱりでしたが、文献を読んだり、類縁タンパク質たちの構造をずっと眺めていると、「この子はこういうアミノ酸で構成されるくぼみ（化合物結合部位）を持つだろう」と何となくわかってきます。

まわりをうろうろして遠くから覗いたりスマートな方法を探すよりは、真正面から取っ組み合って生の情報にどっぷり浸かる方が、泥臭いかもしれないけど理解に関しては得るものが大きいです。


今日の空

すっきりとした青空を久々に見ました。

640:小さな達成感

毎日習慣にしたいと思っていて、けどなかなか続かないことがあります。たとえば、ビタミンBのサプリを飲み続けるという1分もかからないこともその1つ。毎日飲まなければいけない薬ではないので、急いでいる時は何となくさぼってしまうのです。

余裕がある時に飲めて、それが2-3回続くと少し幸せな気持ちになります。続けられているという小さな達成感。

すぐに終わる、ほんのささいなことでも、「続いている」と感じると、私にはうれしさにつながります。この小さな達成感が勢いをつけてくれて、別の小さな達成感を連れてきてくれる気がします。

今日の空

雲の向こう側に晴れ間が。

639:講義

今日は母校の大学で2回目の講義でした。初めての講義は、ちょうど去年の今頃やりました。

前回の学生さんの感想を元に、易しめの内容に。それでもやはり、講義のレポートを見ると、わかりやすかったという群と、細かいところはわからなかったという群に分かれます。寝ている方もいらしたので、そもそもその答えが本当かどうか知る術かありませんが。学生さんの集中度、理解度は人によって様々ですので、中央値か平均的なところに伝わる難易度ならよいのかな。

批判が来たら来たで「うっ」とへこまされそうですが、うそのコメントよりは、本当にその学生さんがどう思ったかを知りたいなあと思います。去年は「わかりやすかったけど、たどたどしかった」というコメントをいただいて、「もっと自信をもってしゃべらないと」とよい刺激になりました。

いつもと異なる分野の人に話してみると、思っていたところと異なるところに関心を持たれたりして、意外性があっておもしろいです。


今日の空

アクアラインの海ほたるから。下の方はわかりづらいけど海です。

638:数と分布

大抵のことは、数をこなせば何とかなるのかなと最近思えるようになってきた。

1回目は勝手がわからないし、不安だらけだけど、2回3回と繰り返していくと、新しかったことは慣れてくる。

何度もやっていると、ある事象について、点ではなく、正規表現のようなかたまりでとらえられる。1回目はこの辺りの点だったんだな、と一歩引いて見ることができる。


今日の空

日が沈んだ後でも、空はさまざまな表情を見せてくれる。

637:形にする

今日は相方が仕事だったので、家で仕事をしていました。文章を作る仕事と、授業用のスライド作りです。

こうして何かを形にしていると、表現方法が拙いなと情けなくなります。同じような言い回しを多用していたり、伝えたい内容とピントがずれていると感じたり。

そう思っても誰かが正解を教えてくれる訳ではないので、現時点でのアウトプットとうんうん向き合いながら、別の表現方法を試します。

すっといけるときは、すらすら文章が出てきたり、スライドの図や文の配置が見えているのですが。それだけまだ中身の推敲が足りていないのでしょうか。経験なのか…？


今日の空

下部の細かい雲の感じが好き。

636:美術館

今日は岩手県立美術館に行ってきました。東日本大震災復興支援 「若冲が来てくれました - プライスコレクション 江戸絵画の美と生命 -」という企画展を見るためです。

江戸時代の絵と言うと浮世絵が思い浮かびます。今回は動物が多い絵でした。鳥の羽毛や猿、虎の毛並みが丁寧に描かれています。毛並みでその動物の輪郭を表現しています。

美術の目はないので良し悪しはわかりませんが、普段目にしないものばかりなので、見入ってしまいます。

人がこれがいい、こう表現したいと世に形にしたものが、他人に影響を与える。昔から続く人の営みですね。

今日の空

雨上がりのたくさんの雲と岩手山

635:事故と隣り合わせ

今日、車で通勤していたのですが、前に速度が遅いワゴン車がいて少しいらっとしていました。

ようやく行き先が別方向になり、ちょうど信号が青だったので、T字路の交差点にそのまま進入しました。T字の長辺から短辺交差部分に向かう形です。

そうしたら、私が曲がる先である短辺部分を猛スピードで横切るトラックが。「えっ？」と一瞬訳がわからなくなりました。こちらの信号は確かに青。そう、赤信号無視でした。

短辺部分がちょうど高速道路の真下なため、支えの太い柱で視界が悪かったのも、気がつくのが遅れた原因でした。そして、前をゆっくり走っていたワゴン車がいなかったらタイミング的にぶつかっていたと思うと、脈が速くなります。しばらくの間、入院、下手をしたら死んでいたかも？と嫌な考えでいっぱいになりました。

徒歩、自転車、車を問わず、いくら自分が注意していても事故に遭う確率は決して0にはなりません。運が悪いと言ってしまえばそれまでなのだけど。わかってはいるけど、やはり普段は忘れてしまっています。

今日の空

太陽の光が横にのびている。